Merasa dirugikan, Persipura Jayapura akhirnya menggugat PSSI ke CAS (Court of Arbitration for Sport) di Swiss. Dalam gugatannya, Persipura meminta persoalan mengenai pencoretan dari Liga Champion segera diselesaikan. Selain itu, Persipura juga meminta PSSI membayar ganti rugi sebesar 25 ribu euro.